По итогам 2009 года спад в объёме перевезённых грузов авиационным транспортом составил 30%, а в грузообороте – 5,5%. Показатель объёма перевезённых грузов (0,7 млн. т) упал ниже уровня 2000 года, но грузооборот (3,5 млрд. т-км) снизился незначительно, не опустившись ниже показателя 2007 года. В 2009 году отрасли несколько помогло падение цен на авиационный керосин. В среднем по российским аэропортам, по итогам 2009 года снижение цен на авиационный керосин составило 11,1%. Государственный реестр гражданских воздушных судов России включает более 6500 воздушных судов, 2991 из них включены в свидетельства эксплуатантов. Кризис 2008-2009 года стал самым глубоким для отрасли за последние 30 лет, и даже самые оптимистичные прогнозы показывают, что рынок вернется к показателям 2007 года только через три года. Кризис в отрасли грузовых авиаперевозок начался в октябре-ноябре 2008 года. Наибольшее падение объемов регулярных грузоперевозок в целом по всем авиакомпаниям было зафиксировано в январе-феврале 2009 года - 23%, в целом за год – 30%. По оценке экспертов, с июля наметилась тенденция по оживлению спроса и сокращению темпов падения. Так, в июле падение грузопотока составило 11,3%, в августе - 9,6%, а в целом в 2009 году – 5,5%. Сложившаяся ситуация на финансовых рынках практически полностью лишила предприятия отрасли кредитных ресурсов. Авиаперевозки во всем мире являются капиталоемкой отраслью и в значительной степени зависят от заемного финансирования. Одной из проблем отрасли является состояние аэродромов и техники. В настоящее время только 62% аэродромов имеют взлетно-посадочные полосы с искусственным покрытием, остальные аэродромы имеют грунтовые взлётно-посадочные полосы. Более 90% аэропортов укомплектованы техникой, которая на 85% выработала сроки службы и, в принципе, подлежит списанию. В 2009 году было запланировано проведение реконструкции 11 аэродромов и 107 взлётно-посадочных полос, однако в связи с уменьшением в 2009 г. объемов финансирования по программе гражданской авиации не были завершены работы по реконструкции ВПП в аэропортах Самара, Южно-Сахалинск, Калининград, Махачкала, Магадан и систем светосигнального оборудования в аэропорту Минеральные Воды, Сыктывкар. Основной объем грузовых перевозок в 2009 году (63,7%) был выполнен пятью авиакомпаниями: ЭйрБриджКарго, Волга-Днепр, Аэрофлот-Карго, Аэрофлот-РА, Трансаэро. По показателю объёма перевезённых грузов, вытеснив компанию «Волга-Днепр»,  на первое место вышла ЭйрБриджКарго. В 2009 году объём перевезённых грузов этой авиакомпанией (198 тыс. т) более чем вдвое превысил аналогичный показатель «Волга-Днепр». ЭйрБриджКарго также занимает первое место по показателю грузооборота. За год изменилась пятёрка лидеров по показателю грузооборота – пятое место заняла компания «Трансаэро», заняв место компании «Полёт». А по объёму перевезённых грузов в 2009 году компания «Аэрофлот – российские авиалинии», обойдя «Волга-Днепр», вышла на второе место. Число российских авиакомпаний за 2009 год сократилось на 11 штук. По итогам 2008 года в России было 175 авиакомпаний, а по итогам 2009 –  только 164. Сертификаты эксплуатантов аннулированы у «Интеравиа», «Сатурна», «Омскавиа», «Сибирской авиатранспортной компании», «Дальавиа», «Красноярских авиалиний», «Домодедовских авиалиний» и «Авиапредприятия «ТЕСИС», ООО «Авиакомпании «Алания», ООО «Корпорация «АВИАЛЕСООХРАНА», ОАО Авиакомпания «Трансавиа-Гарантия». В июне 2009 года совет директоров "Аэрофлота" принял решение о банкротстве дочерней грузовой компании "Аэрофлот-карго". Решение Арбитражного суда Московской области о ликвидации "Аэрофлот-карго" было принято в октябре 2009 года. Государственная поддержка отрасли в виде субсидий банкам, выделяющим кредиты авиакомпаниям, не принесла ожидаемых результатов. Всего государство выделило в 2009 г. до 30 млрд. руб. Однако даже системообразующие перевозчики испытывали большие сложности с получением доступа к этим деньгам.